Depuis le 1er janvier 2011, la facturation du conseil en matière de CIR doit être déduite de l'assiette de calcul du crédit d'impôt. Les experts-comptables entrent dans la catégorie des prestataires concernés par la mesure, au même titre que les conseils spécialisés en recherche ou innovation et les avocats, indique une instruction publiée vendredi.

Déduction des rémunérations de prestation de conseil l'année de facturation

Les honoraires versés à ces cabinets doivent être déduits de l'assiette du CIR "de l'année au titre de laquelle [les] prestations sont déduites du résultat imposable à l'IR ou l'IS dans les conditions de droit commun", indique l'adminstration. Par exemple, pour un prestataire non expert-comptable qui fixerait sa rémunération proportionnellement au montant obtenu par l'entreprise, la déduction s'opère en principe au titre de l'année d'obtention du crédit d'impôt déclenchant la facturation du conseil, précise l'instruction. Pour rappel, ces honoraires proportionnels doivent être déduits dans leur totalité de l'assiette du CIR. 
Pour les autres rémunérations (honoraires fixés en fonction du temps de travail nécessité par le traitement du dossier…), la déduction s'opère aussi en principe l'année de facturation. Le montant à déduire est celui qui excède le plus élevé des deux montants suivants : 15000 euros HT ou 5% du total HT des dépenses de recherche éligibles minoré des subventions publiques reçues.

Plafonds combinés pour les dépenses externalisées

Autre changement concernant l'assiette du CIR : les dépenses de fonctionnement relatif aux opérations de recherche, engagées depuis le 1er janvier 2011, sont évaluées forfaitairement à la somme de 75% des dotations aux amortissements des immobilisations affectées directement aux activités de recherche et 50% des dépenses de personnel. Le montant des frais de fonctionnement, égal à 200% des dépenses de personnel relatives aux jeunes docteurs au titre des 24 premiers mois suivant leur premier recrutement, n'est pas modifié. Au delà de cette période de deux ans, ces dépenses de fonctionnement sont calculées au taux de 50%, indique l'instruction.
Par ailleurs, un nouveau plafond s'applique aux dépenses externalisées auprès des organismes de recherche privés. Celles-ci sont prises en compte, dans l'assiette du CIR, dans la limite de trois fois le montant total des autres dépenses de recherche ouvrant droit à crédit d'impôt. Ce plafond doit être combiné avec les plafonds prenant en compte le lien de dépendance entre l'entreprise bénéficiant du CIR et ces organismes (10 ou 12 millions d'euros), rappelle l'administration.

Entreprises de moins de 2 ans : pas d'obligation de fournir tous les justificatifs

Une autre série de mesures concerne le dispositif de remboursement immédiat des créances de CIR. Pour les dépenses de recherche exposées depuis le 1er janvier 2010, la procédure de demande de remboursement est plus contraignante pour les entreprises éligibles créées depuis moins de deux ans (à la date d'introduction de la demande). Elles doivent présenter les pièces justificatives attestant de la réalité des dépenses de recherche. Peuvent ainsi être joints des "contrats, factures, déclaration DADS, feuilles de paie délivrées aux chercheurs et techniciens, ou tout autre moyen de preuve", détaille l'instruction fiscale. Qui précise que ces jeunes entreprises n'ont pas à produire l'ensemble des justificatifs relatifs aux différentes catégories de dépenses éligibles au crédit d'impôt, sauf lorsque les demandes de restitution de CIR "ont le caractère de réclamation contentieuse".